Der Hermann-Schaeffer-Saal dient als Übergang zwischen dem Saalgebäude und dem Turmgebäude.
Auch dieser Raum wird oft in Kombination mit dem Ernst-Abbe-Saal und weiteren Räumen des Hauses bei großen Events, Tagungen und Empfängen genutzt. Ein Teil der historischen Orgelverkleidung dient als Wanddekoration.
Hermann Karl Julius Traugott Schaeffer war ein Physiker, Mathematiker, Astronom und in diesen drei Disziplinen Professor an der Universität Jena.